Während der Jomon-Zeit (13000 v. Chr. bis 300 v. Chr.) waren die Bewohner der japanischen Inseln Sammler, Fischer und Jäger. Jomon ist der Name der Töpferwaren aus dieser Zeit.

Während der Yayoi-Periode (300 v. Chr. bis 250 n. Chr.) wurde die Reiskultur um 100 v. Chr. nach Japan importiert. Mit der Einführung der Landwirtschaft begannen sich soziale Klassen zu entwickeln, und Teile des Landes begannen, sich unter mächtigen Landbesitzern zu vereinen. Chinesische Reisende während der Han- und Wei-Dynastien berichteten, dass zu dieser Zeit eine Königin namens Himiko (oder Pimiku) über Japan herrschte. Die Yayoi-Periode brachte auch die Einführung derEisen und andere moderne Ideen aus Korea nach Japan, dessen Töpferwaren der Periode ihren Namen gaben.

Zu Beginn des Kofun-Zeitraum (250 - 538) hatte sich in der fruchtbaren Kinai-Ebene ein Machtzentrum entwickelt, und um 400 n. Chr. war das Land als Yamato Japan mit dem politischen Zentrum in und um die Provinz Yamato (etwa die heutige Präfektur Nara). Der Name der Epoche stammt von den großen Grabmälern (kofun), die für die politischen Führer jener Zeit errichtet wurden. Yamato Japan erstreckte sich von Kyushu bis zur Kinai-Ebene, umfasste aber noch nicht Kanto, Tohoku und Hokkaido.

Der Kaiser war Herrscher über das Yamato-Japan und residierte in einer Hauptstadt, die häufig von einer Stadt in die andere verlegt wurde. Allerdings übernahm der Soga-Klan bald die eigentliche politische Macht, was zu einem System führte, in dem die meisten Kaiser nur als Symbol des Staates fungierten und Shinto-Rituale durchführten.

Während der Asuka-Zeitraum (538-710) nahm der Einfluss vom Festland dank der freundschaftlichen Beziehungen zum Königreich Kudara (oder Paikche) auf der koreanischen Halbinsel stark zu. 538 oder 552 wurde der Buddhismus in Japan eingeführt und von der herrschenden Klasse gefördert. Prinz Shotoku soll eine besonders wichtige Rolle bei der Verbreitung chinesischer Ideen gespielt haben. Er verfasste auch die Verfassung der Siebzehn Artikel über moralische und politische Grundsätze. Die Theorien des Konfuzianismus und des Taoismus sowie das chinesische Schriftsystem waren zu diesem Zeitpunkt ebenfalls in Japan eingeführt worden.

Im Jahr 645 begann mit Nakatomi no Kamatari die Ära der Fujiwara-Klan die bis zum Aufstieg der militärischen Klasse (Samurai) im 11. Jahrhundert andauern sollte. Im selben Jahr wurde die Taika-Reformen wurden verwirklicht: Ein neues Regierungs- und Verwaltungssystem wurde nach chinesischem Vorbild aufgebaut, alles Land wurde vom Staat aufgekauft und in einer großen Landreform gleichmäßig unter den Bauern verteilt, um das neue Steuersystem einzuführen, das ebenfalls von China übernommen wurde.