Im Jahr 1185 übernahm die Minamoto-Familie die Kontrolle über Japan, nachdem sie den Taira-Klan im Gempei-Krieg besiegt hatte. Minamoto Yoritomo setzte eine neue Militärregierung ein, die Kamakura Bakufu in Kamakura und wurde im Jahr 1192 zum Shogun ernannt.

Nach Yoritomos Tod im Jahr 1199 begannen zwischen dem Bakufu von Kamakura und dem kaiserlichen Hof in Kyoto Streitigkeiten um die Vorherrschaft, die in der Jokyu-Störung im Jahr 1221, als Kamakura die kaiserliche Armee in Kyoto besiegte, und die Hojo Regenten in Kamakura erlangten die vollständige Kontrolle über Japan. Durch die Umverteilung des während der Jokyu-Unruhen gewonnenen Landes konnten sie die Loyalität aller Mächtigen im Lande erlangen. Der Kaiser und die verbliebenen Regierungsämter in Kyoto verloren praktisch jede effektive Macht.

Während der Kamakura-Periode war der chinesische Einfluss weiterhin relativ stark. Neue buddhistische Sekten wurden eingeführt: Die Zen-Sekte (eingeführt 1191) fand eine große Zahl von Anhängern unter den Samurai, die nun die führende soziale Schicht waren. Eine weitere neue buddhistische Sekte, die radikale und intolerante Lotus-Sutra-Sekte, wurde 1253 von Nichiren gegründet.

Im Jahr 1232 wurde ein Gesetzbuch, die Joei Shikimoku Sie betonte konfuzianische Werte wie die Bedeutung der Loyalität gegenüber dem Meister und versuchte allgemein, den Verfall von Moral und Disziplin zu unterdrücken. Der Hojo-Klan übte eine strenge Kontrolle aus, und jedes Anzeichen einer Rebellion wurde sofort vernichtet.

Der Shogun blieb in Kamakura, ohne viel Macht zu haben, während seine Stellvertreter in Kyoto und Westjapan saßen. Verwalter und Wächter kontrollierten die Provinzen streng und loyal. Tatsächlich konnten die Hojo-Regenten dem Land mehrere Jahrzehnte des Friedens und des wirtschaftlichen Aufschwungs bescheren, bis eine äußere Macht begann, Japan zu bedrohen.

Bis 1259 hatten die Mongolen China erobert und interessierten sich auch für Japan. Mehrere Drohbotschaften der mächtigen Mongolen wurden von Kamakura ignoriert. Dies führte zur ersten Mongoleninvasion Nach nur wenigen Stunden Kampf musste sich die große Invasionsflotte jedoch wegen schlechten Wetters zurückziehen. Das war ein großes Glück für die Japaner, denn ihre Chancen gegen die große und moderne mongolische Streitmacht waren nicht gerade günstig.

Dank guter Vorbereitungen konnten die Japaner bei einem zweiten Invasionsversuch im Jahr 1281 mehrere Wochen lang eine starke Verteidigung aufrechterhalten. Aber auch hier waren die Mongolen schließlich gezwungen, sich vor allem wegen des schlechten Wetters zurückzuziehen. Kyushu blieb für einen möglichen dritten Invasionsversuch in Alarmbereitschaft, aber die Mongolen hatten bald zu viele Probleme auf dem Festland, als dass sie sich um Japan kümmern konnten.

Die Folgen der jahrelangen Kriegsvorbereitungen gegen die Mongolen waren für die Regierung von Kamakura fatal, da sie nur Ausgaben und keine Gewinne zur Folge hatten. Viele der loyalen Männer, die für Kamakura gekämpft hatten, warteten nun auf Belohnungen, die die Regierung nicht zahlen konnte. Finanzielle Probleme und die abnehmende Loyalität der mächtigen Fürsten waren daher einige der Gründe für den Niedergangder Kamakura-Regierung.

Im Jahr 1333 war die Macht der Hojo-Regenten so weit geschwunden, dass der Kaiser Go-Daigo die kaiserliche Macht wiederherstellen und das Kamakura-Bakufu stürzen konnte.